Ozon tedavisini birkaç uygulama metodu vardır; bunların hangisinin hastaya uygulanacağına hasta ile konuştuktan sonra doktor karar vermektedir, bazen kombine tedaviler yapılabilmektedir. Yani aslında ozon tedavi kişiye özel, doktor tarafından hazırlanan bir protokol ile uygulanır.

• Majör otohemoterapi
• Minör otohemoterapi
• Rektal/Vajinal ozon uygulaması
• Kas ve eklem içine uygulama
• Torba uygulaması
• Ozonlu krem
• Ozonlu su